2000年7月某承包公司与某房地产公司就某项目签订了一份前期工程协议书，双方约定：承包公司负责该项目的前期工程，包括动迁和七通一平，房地产公司按完成面积分四期支付工程款。
在合同履行过程中，承包公司由于疏忽，对在项目基地红线边缘的两所约定应拆除的民房未予以拆除。房地产公司虽然知道这种情况，但一直不予提醒，而且不加以说明地拒付大部分工程款，为此工程延误一段工期，这种状况一直延续到工程完工。结算过程中，承包公司根据协议要求房地产公司支付尚未支付的2000万元的工程款，但遭到房地产公司的拒绝。理由是，承包公司没有按协议完成任务，两所民房仍未拆除且拖延工期。2001年4月，承包公司以欠款为由将房地产公司告上法庭。

问题：该项目合同履行中在哪些方面不符合《建筑法》与《合同法》的有关事宜？法院应如何做出判决。