某施工单位通过工程招标承揽了一栋30层楼高层建筑的建设工程，招标文件中对合同的付款方式约定如下：（1）施工单位进场后甲方支付给乙方20%合同额的工程款；（2）乙方完成总工程量80%后，甲方再支付给乙方50%合同额的工程款；（3）工程竣工验收合格后，甲方一次性付清剩余工程款。

合同签订时，甲方以担心乙方有无施工能力为由，提出如下要求：（1）乙方完成总工程量80%后，甲方一次性支付给乙方70%合同额工程款；（2）工程竣工验收合格并向甲方提交完所有竣工资料后，甲方向乙方支付所有剩余工程款。

请运用你所学到的合同法知识，谈一下施工单位在签订合同时，如何保护自己的合法权益？