(1)该损失由甲承担。根据《合同法》的规定,买卖合同标的物毁损、灭失的风险，在标的物交付之前由出卖人承担，交付之后由买受人承担，但法律另有规定或当事人另有约定的除外。本案中标的物虽已交付，但甲、乙双方约定，在乙向甲付清款项前，甲保留该5头牛的所有权。
(2)合同有效。基于《买卖合同解释》第3条的规定，本案中牛的所有权属于甲，乙无处分权，但这不影响乙与丁之间的合同效力，在甲追认或乙取得牛的所有权之前，丁不能依据与乙之间的合同取得牛的所有权。
（3)母牛肚子里的小牛为母牛的孳息，归乙所有。